К тому моменту, когда к месту катастрофы прибыли спасатели, в ледяной воде находилось 137 оставшихся в живых пассажиров и членов экипажа. На борту парома было 29 жителей Латвии, спастись удалось лишь шестерым из них.

По некоторым оценкам, кораблекрушение «Эстонии» стало крупнейшей морской катастрофой, произошедшей в Европе в мирное время. Международная комиссия по расследованию причин катастрофы пришла к выводу, что паром затонул из-за недостатков конструкции (отрыв носового визора) и тяжелых погодных условий.

Тем не менее спекуляции вокруг причин катастрофы продолжаются до сих пор. Выдвигались различные версии, в том числе специально организованный взрыв на борту. Появилась информация о том, что на пароме перевозилась советская боевая техника, и не исключено, что на борту взорвались какие-либо боеприпасы. Жена второго капитана судна Аво Пихта в свое время заявила, что видела в одном из телевизионных сюжетов своего мужа в машине «скорой помощи» на берегу, однако о его дальнейшей судьбе ничего не известно.

Паром «Эстония» было решено оставить на месте и запечатать бетоном. Погружение к останкам корабля запрещено, исполнение запрета возложено на финские власти.